„Műtörténeti becsük” megőrzésének szándékával, azért, hogy a megromlott állapotú műalkotások restaurálását valóban avatott kezekre bízhassák, a három legimpozánsabb oltárt, a tróntermi kiállításon együtt látható Angyali üdvözlet-, és Szent Anna-oltárt, valamint az akkorra már nagyon megromlott állapotú főoltárt 1896-ban, a honalapítás ezredéves fennállását ünneplő fővárosba szállították.Helyükre a templomban ma is álló másolatokat készíttették.